Con la denominazione di Museo Civico si ebbe la prima esposizione a Messina di opere d'arte con una disposizione di tipo museale, l'antico Monastero di San Gregorio ne fu la suggestiva sede. Il Monastero venne distrutto dal terremoto del 1908 e molte, troppe opere d'arte seguirono lo stesso destino. Una raccolta artistica di grande rilievo venne distrutta, cancellata per sempre. Tutto ciò che fu possibile recuperare, dopo il terribile sisma, venne sistemato in una ex filanda posta nella spianata di San Salvatore dei Greci all'inizio della Litoranea che conduce a Ganzirri e Faro. 

Questa sede, agli inizi soprattutto, non era rispondente ai moderni criteri di esposizione e custodia di opere d'arte e, per questo, nel corso degli anni sono stati molti gli interventi di ristrutturazione dello stabile. Negli anni '80,  con un nuovo e più adeguato intervento strutturale, si è proceduto a dare al complesso un assetto decisamente più appropriato, più consono alle esigenze espositive di vari capolavori d'arte. Negli anni successivi, infine,  si è proceduto al completamento della costruzione del grande complesso museale (foto di pagina) che oggi occupa l'area adiacente al vecchio stabile. Come tantissime cose che vengono progettate a Messina, i tempi della realizzazione e messa in opera sono lunghissimi, vuoi per le complicazioni burocratiche dovute in massima parte alla mancanza di efficienza politico-amministrativa, vuoi per la colpevole noncuranza dovuta a forte e disgustosa apatia dei messinesi, vuoi per l'incompetenza delle ditte appaltatrici che  consegnano lavori in ritardo per poi scoprire che, come nel caso del Museo, ci piove dentro. Altri interventi e altri soldi..