Il Santuario oggi occupa l'antica area nella quale sorgeva il tempio dedicato da Annibale Maria Di Francia al Cuore di Gesù, nel malfamato quartiere Avignone. Distrutto dal terremoto del 1908 il tempio fu per un certo periodo sostituito da una chiesa in baracca donata da Pio X, in questa chiesa Padre Annibale proclamò Sant'Antonio "singolarissimo e instancabile nostro benefattore". Fu progettata la costruzione del nuovo tempio e i lavori furono affidati all'ingegnere Letterio Savoia. Il Santuario fu consacrato il 19 agosto 1937 dal vescovo ausiliare Pio Giardina. Sul prospetto vi sono le nicchie con le statue in bronzo dorato degli evangelisti San Matteo e San Luca dello scultore Turillo Sindoni. Nella lunetta del portale d'ingresso un altorilievo bronzeo raffigura S. Antonio col Bambino, opera questa del messinese Lio Gangeri.

L'interno, molto decorato, è diviso in tre navate. Gli affreschi, le tele e i disegni delle vetrate sono stati realizzati da Rosario Spagnoli. Le decorazioni alle pareti sono di G. D'Arrigo. Nell'Altare Maggiore è posto il paliotto in bronzo dorato con la riproduzione in altorilievo del Cenacolo di Leonardo, opera di Lio Gangeri. In fondo alla navata destra vi è una grande tela del pittore Mario Barberis raffigurante Gesù Bambino trionfatore. Nella navata di sinistra è custodito in un'urna il corpo incorrotto del Santo Annibale Maria Di Francia.