Verso la metà del Seicento Messina, in compenso della sua fedeltà alla Corona spagnola durante la sollevazione napoletana di Masaniello, ottiene l'ultimo suo grande privilegio, quello del monopolio della seta, non soltanto della Sicilia orientale, ma di tutta l'Isola. Contro Messina si scatena la reazione di Palermo e della Sicilia intera la quale non intende più sottostare all'egemonia economica di tutta una città che a forza di privilegi assorbe e intende assorbire tutte le risorse e le attività dell'Isola. D'altra parte la Corona si avvede che è andata troppo avanti nelle concessioni.

La posizione strategica di Messina che fino a ieri è stata un vantaggio finché la città si è mantenuta fedele, può diventare una grave minaccia. Da una forma di autonomia così accentuata alla indipendenza, il passo è breve. La Francia in perpetua lotta con la Spagna, va creando una potente marina militare, con la quale tende a strappare alla Spagna l'egemonia del Mediterraneo. S'inizia una politica nuova del governo madrileno verso Messina, e questa politica mira a togliere alla citta i suoi privilegi ed assoggettarla alla comune obbedienza.

Messina nella esasperata difesa dei suoi privilegi insorge e nel 1674 scaccia con le armi la guarnigione spagnola rinnovando, assediata, le epiche gesta della guerra del Vespro. Chiede e ottiene aiuto dalla Francia...

Di una violenza inaudita sono le feroci repressioni che il viceré Benavides ordina, molti nomi illustri sono costretti ad abbandonare la città per l’esilio. Sarà attuata la soppressione a tappeto di tutti i privilegi di cui Messina godeva a cominciare dal Porto franco, viene chiusa l’Università e la Zecca ed abbattuto il Palazzo Senatoriale sulle cui rovine viene sparso il sale in dispregio della passata magnificenza. Tutte le fortificazioni saranno ampliate con il concorso del tedesco Nuremberg (1679-81), sarà costruita la Cittadella sulle rovine di magnifici palazzi e monumenti bellissimi che furono il vanto e lo splendore della città.

Porta Grazia 

una delle porte barocche  della Cittadella

oggi sistemata nella Piazza Casa Pia.

La vendetta, però, non è ancora compiuta.

Il viceré spagnolo Francisco de Benavides, duca di Santo Stefano, mandato dal re perché impartisse una dura punizione alla città che si era macchiata di lesa maestà, quella sera del 9 gennaio 1679, alle ore 22, colpisce la città ribelle proprio nell'orgoglio del suo fasto passato: si reca alla Torre del Campanile del Duomo e sottrae le Pergamene del Fondo Messina sulle quali erano impresse la potenza e la grandezza di Messina, le gloriose vicende storiche che le derivavano dai grandi privilegi che nel corso dei secoli la città aveva ricevuto dai vari regnanti che si erano succeduti.

Il Benavides, dopo la sottrazione, torna a Palazzo Reale, per fortuna non distrugge le pergamene, vi trova la bellissima Biblioteca donata da Costantino Lascaris e la porta via in Spagna insieme alle pergamene.

Si perdono le tracce, per tre secoli non si è saputo più nulla, sembra che questa straordinaria memoria storica  non sia mai esistita, eppure... avviene il miracolo!

Casualmente l'incontro di uno studioso siciliano con uno spagnolo di Siviglia porta alla scoperta che in quella città esistono documenti che riguardano la città di Messina. 

Ciò che sembrava perduto definitivamente torna alla luce:  nell'archivio del duca di Medinaceli a Siviglia vengono ritrovate le Pergamene del Fondo Messina. 

Grazie all'interessamento dell'ing. Cesare Fulci, il quale sollecitò l'allora Presidente della Repubblica Oscar Luigi Scalfaro perché intervenisse a far restituire all'Italia una documentazione di così grande valenza scientifica e storica, le pergamene, per il tramite del Ministero degli Affari Esteri e dei Beni Culturali e Ambientali, sono finalmente restituite all'Italia e consegnate per il restauro al laboratorio Paolo Ferraris a Torino.

La consegna delle pergamene al laboratorio da parte del comitato scientifico italo-spagnolo avviene il 26 aprile 1992 e qui inizia l'accurato restauro. Dopo l'intervento di recupero, 1310 pergamene ritornano a Siviglia nel settembre del 1993 mentre 115 sono state esposte nella grande mostra "Messina, il ritorno della memoria storica" sotto l’Alto Patronato del Presidente della Repubblica Italiana On. Oscar Luigi Scalfaro e di S.M. il Re di Spagna Don Juan Carlos I.

Messina, Palazzo Zanca - 1 marzo/28 aprile 1994.